La bactériologie et la parasitologie regroupent les techniques d’identification des micro-organismes pathogènes et la détermination de leur sensibilité aux traitements. L’antibiogramme est un outil crucial dans le contexte actuel de résistance bactérienne. La parasitologie garde toute son importance dans les régions à forte prévalence parasitaire.
Culture, identification (galeries biochimiques, spectrométrie de masse MALDI-TOF), antibiogramme standardisé selon les recommandations CA-SFM et EUCAST.
Recherche des mécanismes de résistance (BLSE, carbapénémases, SARM). Techniques de biologie moléculaire pour les bactéries à croissance difficile.
Examen macroscopique et microscopique après concentration : recherche d’œufs de parasites (helminthes), de kystes de protozoaires (amibes, Giardia, Cryptosporidium), de larves.
Techniques spécialisées : scotch-test anal (oxyures), test de Baermann, coproculture parasitaire, sérologies (toxoplasmose, hydatidose, leishmaniose).